Stefano PIOTTO PIOTTO | Projects

RUOLO DELLA COMPOSIZIONE LIPIDICA NELLE MEMBRANE BATTERICHE

Nel corso del progetto sarà investigata l'interazione membrana-proteina mediante tecniche di dinamica molecolare e l'utilizzo di nuovi algoritmi sviluppati negli ultimi anni. Sarà data particolare importanza al calcolo del lipid pressure profile (LPP) e alla parametrizzazione di membrane "implicite" che possano consentire la simulazione di proteine di membrana (quali l'SMS1 e l'APP) per tempi superiori al microsecondo.Le membrane che saranno preparate per questo studio consistono di molecole lipidiche completamente solvatate in acqua, per mimare la struttura delle membrane biologiche. Queste membrane saranno sia simmetriche che asimmetriche con un numero di lipidi compreso tra 200 e 600. Le dinamiche saranno realizzate su grid e su cluster di GPU ad elevata prestazione per tempi compresi tra i 20 ee i 500ns. Per i lipidi, dove possibile, utilizzeremo un modello atomico precedentemente validato.Titolo__________________Autori_______________________Rivista_____________IF(2012)____Anno________doi______________________________FattorePremio___IF*FPSegregation into doma____Amenitsch, Piotto* et al.________Soft Matter__________3,909_______2011________10.1039/C0SM01127D_______________1,5____________5,864Membrane-lipid therap____Gombos*, Piotto, et al._________PloS one____________3,73________2011________10.1371/journal.pone.0028818________1_______________3,730YADAMP: yet another d___Piotto*, Sessa, et al.___________Int.J.Antimic.Ag_______4,415_______2012________10.1016/j.ijantimicag.2011.12.003______1,5_____________6,623Small azobenzene deri____Piotto*, Concilio et al.__________Eur.J.Med.Chem._____3,499_______2013________10.1016/j.ejmech.2013.07.030________1,5_____________5,2492-Hydroxy arachidonic____Fiol-deRoque, Piotto et al.______PloS one____________3,73________2013________10.1371/journal.pone.0072052________1_______________3,730