Alessandro WEISZ | Progetti

ANALISI DEL COINVOLGIMENTO DI RNA NON-CODIFICANTI NELLA CARCINOGENESI ENDOMETRIALE

La ricerca si articolerà in quattro fasi, secondo il seguente piano di lavoro:1. Caratterizzazione dei profili di espressione degli sncRNA al fine valutare la relazione tra la progressione tumorale, gli sncRNA nonché i loro possibili bersagli molecolari. Per questo, si ricercheranno miRNA differenzialmente espressi in tessuti tumorali ed iperplastici rispetto al tessuto normale, prelevato in isteroscopia dalla stessa paziente, mediante smallRNA-Seq, un aproccio che consente anche l’identificazione di nuovi miRNA e la misurazione di altri sncRNA (piRNA, tiRNA, snoRNA, ecc). La determinazione del profilo di espressione del miRNoma verrà effettuata mediante sequenziamento di nuova generazione. Per questo, librerie di acidi nucleici generate per ciascun campione da studiare verranno analizzate sui sequenziatori HiSeq1500 e Ion Torrent PGM, che consentono un range dinamico di rilevamento molto ampio e la possibilità di misurare differenze relativamente piccole di espressione tra campioni e rappresentando il metodo ad oggi più idoneo per studi del miRNoma, che presenta notevoli vantaggi rispetto ai microarray o QPCR, tra cui maggiore sensibilità, più ampio spettro di RNA analizzabili, individuazione ‘de novo’ di RNA ancora sconosciuti e costi più contenuti. 2. Identificazione di tutti gli RNA messaggeri differenzialmente espressi in tessuti tumorali ed iperplastici rispetto al tessuto normale, seguita dalla ricerca ‘in silico’ degli RNA bersaglio di miRNA e piRNA. I piRNA sono di particolare interesse, in quanto ad oggi non sono presenti dati che dimostrano il loro ruolo nella progressione del ca endometriale, ma solo studi che cercano di chiarire il loro ruolo nella tumorigenesi, in particolare attraverso il silenziamento trascrizionale di un gene o l’inibizione dell’espressione di alcuni oncogeni (Yuping et al., 2013; Rizzo et al., 2014). 3. Grazie all’approccio sperimentale ed analitico adottato, queste informazioni potranno essere integrate in pathway di regolazione e funzione mediate analisi bioinformatiche (KEGG, IPA, ecc.), fornendo una base di dati utile per identificare una signature di sncRNA. Inoltre, l’identificazione di un profilo dei sncRNA e dei loro bersagli durante la progressione tumorale potrà rappresentare il punto di partenza per la messa a punti di nuovi biomarcatori per migliorare la diagnosi e valutazione prognostica della patologia.4. In parallelo, utilizzando strumenti bioinformatici ad hoc, verranno condotte analisi delle sequenze di sncRNA ottenute, volte all'individuazione di variazioni di sequenza nei miRNA rispetto alla sequenza di riferimento. Tali variazioni, che possono risultare in una variazione di sequenza o lunghezza dello RNA, sono importanti in quanto causano interazione del sncRNA coinvolto con un diverso mRNA target.BIBLIOGRAFIA- Banno, K., Yanokura, M., Kisu, I., Yamagami, W., Susumu, N., Aoki, D., 2013. MicroRNAs in endometrial cancer. Int J Clin Oncol 18, 186-192.- Nassa, G., Tarallo, R,. Giurato, G., De Filippo, M.R., Ravo, M., Rizzo, F., Stellato, C., Ambrosino, C., Baumann, M., Lietzèn, N., Nyman, T.A., Weisz, A., 2014. Post-transcriptional regulation of human breast cancer cell proteome by unliganded estrogen receptor β via microRNAs. Mol Cell Proteomics 13, 1076-1090.- Rizzo, F., Hashim, A., Marchese, G., Ravo, M., Tarallo, R., Nassa, G., Giurato, G., Rinaldi, A., Cordella, A., Persico, M., Sulas, P., Perra, A., Ledda-Columbano, G.M., Columbano, A., Weisz, A., 2014. Timed regulation of PIWI-interacting RNAs expression during rat liver regeneration. Hepatology, [Epub ahead of print].- Smith, R. A., Cokkinides, V., Brooks, D., Saslow, D., Brawley, O. W., 2010. Cancer screening in the United States, 2010: a review of current American Cancer Society guidelines and issues in cancer screening. CA Cancer J Clin 60, 99-119.- Yuping, M., Clark, D., Mao, L., (2013), Novel dimensions of piRNAs in cancer, Cancer Letters, 336, 46-52.