Stefano PIOTTO PIOTTO | Progetti

Il problema dell¿accuratezza nella predizione del ?Gbind, che si manifesta costantemente quando si effettuano analisi computazionali di docking molecolare, è stato oggetto di numerosi studi nel corso degli ultimi decenni.Stiamo sviluppando un metodo che, utilizzando tecniche di dinamica molecolare, è in grado di effettuare un¿analisi dei differenti gradi di mobilità delle molecole d¿acqua che int

La caratterizzazione del binding di una piccola molecola con un recettore richiede la comprensione sia della termodinamica del processo che della sua cinetica. Per il primo aspetto sono stati messe a punto alcune tecniche che permettono di avere una predizione accurata della variazione dell'energia libera durante il binding. Per il secondo aspetto, ci proponiamo di migliorare i metodi di stima del

la nostra strategia di docking è quella di rappresentare la flessibilità del recettore attraverso un metodo poco costoso che genera una serie di strutture di destinazione. Partendo da una struttura di destinazione nota, intendiamo utilizzare le simulazioni di dinamica molecolare (MD) per esplorare i cambiamenti conformazionali indotti dal ligando e per raccogliere diverse istantanee di strutture d